Meski sudah meminta maaf, gelombang kritikan terus datang. Bahkan, banyak warganet yang mendesak Presiden Prabowo untuk mencopot jabatan Gus Miftah. Netizen menilai, apa yang dilakukan Gus Miftah sangat tidak mencerminkan perilaku seorang tokoh agama maupun utusan presiden.
"Eggak ada pantas-pantasnya manusia yang merendahkan martabat kemanusiaan yang liyan dititipi kekuasaan tertinggi buat ngurusi isu toleransi. Digaji mahal pakai APBN, menghinakan rakyat yang menggaji. ora nduwe isin! PECAT," tulis Kalis Mardiasih, seorang aktivis perempuan dan penulis buku, di media sosialnya.